O sorteio da Taça da Liga ditou que o Trofense pertencesse ao grupo B, do qual também faz parte o Sporting de Braga e o Sporting. A União de Leiria é a outra equipa que fecha o grupo.

Na terceira fase participam os seis clubes classificados na Liga Sagres, na época transacta entre o 1º e o 6º lugares (Porto, Sporting, Benfica, Nacional, Braga e Leixões) e os seis clubes apurados na segunda fase da presente edição da Carlsberg Cup (Portimonense, Vitória de Guimarães, Trofense, Estoril, Rio Ave e União de Leiria).

O primeiro jogo do Trofense da 3ª fase da competição é fora com a União de Leiria, no primeiro fim-de-semana de Janeiro.

A segunda jornada é com o Sporting de Braga, em casa, no dia 13 de Janeiro, com o Sporting de Braga, sendo a última também disputada na Trofa com o Sporting, no fim-de-semana de 23 e 24 de Janeiro.

Calendário de Jogos – Grupo B (3ª fase) :
– 1ª jornada: 2 e 3 de Janeiro de 2010 – União de Leiria x C.D.Trofense
– 2ª jornada: 13 de Janeiro de 2010 – C.D.Trofense x S.C.Braga
– 3ª jornada: 23 e 24 de Janeiro de 2010 – C.D.Trofense x Sporting C.P.

Os doze clubes vão integrar três grupos que apuram quatro equipas para as meias-finais da competição.